Türkiye’nin İlk Sars-Cov-2 Genomu Dizilendi

Sars-CoV-2 virüsünü anlamak için en önemli aşamalardan biri olan genom dizileme çalışmaları Türkiye'nin de dahil olduğu bir süreçle dünya ölçeğinde devam ediyor. Bu verilerle bilim insanları virüsün yayılırken izlediği yolları ortaya çıkarabiliyor ve geçirdiği evrimsel değişimlerini takip edebiliyorlar.

Bütün dünyayı etkisi altına alan SARS-Cov-2 virüsü (Yeni Koronavirüs) Türkiye’de de etkisini gösterirken, bir yandan da çözüme ulaşmak yolunda bilimsel çalışmalar devam ediyor. Virüsü anlamak için en önemli aşamalardan biri olan genom dizileme çalışmaları, Ocak ayının başında Çin’den yayınlanan verilerle başlamıştı. 7 Nisan itibariyle dünyanın birçok ülkesinden 4500’den fazla genom dizisi, veritabanlarında yer alıyor. Bu verilerle bilim insanları virüsün yayılırken izlediği yolları ortaya çıkarabiliyor ve geçirdiği evrimsel değişimlerini takip edebiliyorlar.

Dünya çapına yayılmış SARS-Cov-2 soylarının genomları dizilenir ve yayınlanırken yakın zamana kadar Türkiye’den ses çıkmamıştı. Bu nedenle Mart ayı sonunda Ankara’da bir hastadan elde edilmiş virüse ait genetik dizi, Sağlık Bakanlığı tarafından uluslararası GISAID veritabanına yüklendiği görüldüğünde heyecan yarattı.

Ancak Türkiye’den yayınlanan bu dizi ile ilk yapılan analizler hayal kırıklığı yarattı. Söz konusu ‘SARS-Cov-2 Ankara genomu’ kullanılarak çizilen filogenetik ağaçlarda, Ankara dizisinin veritabanındaki tüm diğer SARS-Cov-2 dizilerinden farklı olduğu ortaya çıkıyor.

Bu sonuca inanacak olursak virüsün Türkiye’de evrilmeye başladığı veya başka bir soy olduğu sonucu çıkardı. Ancak hastalığın tarihi ve Türkiye’ye yurtdışından geldiği bilindiği için, sorunun Bakanlığın yayımlandığı dizide olduğu tahmin ediliyor.

TÜRKİYE'DEKİ ÖRNEK GENOM DİZİSİ HATALI

Dikkatli incelendiğine dizinin bazı bölümlerinde kümelenmiş biçimde çok yüksek oranda mutasyonlar olduğu görünüyor. Aslında bu kümelenmiş örüntüler doğal yollarla oluşan mutasyonlardan ziyade, teknik hatalara işaret ediyor. Dizilenen genomun kalitesinin olması gerekenden düşük olduğu görülüyor.

Genom dizileme çalışmalarında her zaman belirli oranlarda dizileme veya veri analizi hataları ile karşılaşmak mümkün. Çalışmalar yapılırken, bu hata payları dikkate alınarak hesaplamalar yapılması önemli. Bu süreçte yapılabilecek hatalar araştırmacıları yanlış yönlendirerek virüse karşı mücadelenin gecikmesine sebep olabilir.

TÜRKİYE'DEKİ BİLİM İNSANLARI DİZİLEME YAPMALI

Türkiye’de genom çalışmaları yapan birçok bilim insanı bulunuyor. Dolayısıyla bu çalışmaları özenli biçimde sürdürmek için önemli bir potansiyel var. Türkiye’de bulunan virüsün tiplerini, kökenlerini ve yayılımlarını anlamak üzere daha fazla çalışmanın yapılması ve daha fazla genetik bilginin üretilmesi gerekli. Türkiyeli bilim insanlarıyla Bakanlık arasında pozitif bir iletişimin kurulması gerektiği böyle sorunlar yaşamamak için acil görünüyor.

GENOM DİZİLEME NEDİR?

Genom dizileme, herhangi bir organizmanın genetik materyalinin (DNA ya da RNA) tamamının okunarak ortaya çıkarılması anlamına geliyor. Örneğin, bir önceki cümleyi düşünelim. Bu cümlenin her bir harfinin yanyana dizilişi bizim için anlamlı bir bütün oluşturuyor. Bir organizmanın genetik materyali de yanyana dizilen bazlardan (A,G,C,T/U) oluşuyor. Bu bazların dizilimi bize organizmanın yapısı ve evrimsel yolu hakkında bilgiler veriyor. Örneğin, yayınlanmış diğer ülkelerdeki verilerle çizilen filogenetik ağaçlar, virüsün yayılırken izlediği rotayı ve hangi ülkelerde nasıl bir değişim geçirmiş olduğunu gösteriyor.

Kaynaklar:
China National Center For Bioiformation & National Genomics Data Center, https://bigd.big.ac.cn/ncov/tree
Genomic epidemiology of novel coronavirus, https://nextstrain.org/ncov